Diretoria Geral de Navegação possui subordinada a ela duas outras Diretorias, a Diretoria de Portos e Costas e a Diretoria de Hidrografia e Navegação. sua Missão é:
A DGN tem o propósito de contribuir para o preparo e aplicação do Poder Naval e do Poder Marítimo, no tocante às atividades relacionadas com os assuntos marítimos, à segurança da navegação, à hidrografia, à oceanografia e à meteorologia.

Para a consecução do seu propósito, cabem à DGN as seguintes tarefas:

I – orientar, coordenar e controlar as atividades do setor da DGN concernentes à organização, pessoal, justiça e disciplina, legislação e Diretrizes Básicas da Marinha;

II – participar na elaboração de propostas do dimensionamento das unidades subordinadas;

III – supervisionar a prontificação, o adestramento e o emprego de seus meios;

IV – coordenar e controlar o apoio logístico necessário à prontificação, ao adestramento e ao emprego de seus meios; V – coordenar as atividades relacionadas com o conhecimento e a previsão do comportamento dos fatores ambientais na aplicação do Poder Naval;

VI – coordenar as atividades voltadas para a segurança da navegação na área marítima de interesse do Brasil e nas vias navegáveis interiores;

VII – supervisionar, no que se refere à Defesa Nacional e à segurança da navegação, as atividades relativas à Marinha Mercante e organizações correlatas envolvidas em atividades de pesquisa, de exploração e utilização de elementos marítimos;

VIII – supervisionar a formação, a habilitação e a qualificação de pessoal da Marinha Mercante;

IX – orientar, coordenar e controlar os serviços técnico-administrativos e as atividades de pesquisa das Diretorias subordinadas e do Instituto de Estudos do Mar Almirante Paulo Moreira (IEAPM); e

X – supervisionar os estudos para a formulação das diretrizes concernentes aos assuntos e serviços relativos ao pessoal e ao material da Marinha Mercante, ao Tráfego Marítimo, à Inspeção Naval, ao Ensino Profissional Marítimo, à Prevenção da Poluição Marinha, às Políticas Nacionais que digam respeito ao mar, à Oceanografia, à Meteorologia, à Hidrografia e às outras Ciências Geofísicas correlatas bem como os relativos à Navegação e à Sinalização Náutica.